云数据库 RDS MySQL 版和云原生数据库 PolarDB MySQL 版在多个方面存在显著的区别，这些区别主要体现在架构设计、性能表现、扩展性、应用场景以及功能特性上。以下是详细的分析：
一、架构设计
RDS MySQL：
RDS MySQL是基于传统数据库引擎构建的云数据库服务，其架构更接近于传统的数据库部署方式。
RDS MySQL没有采用计算与存储分离的架构，而是将计算和存储紧密地结合在一起。
PolarDB MySQL：
PolarDB MySQL是阿里云自主研发的云原生关系型数据库引擎，采用了计算与存储分离的架构。
这种架构可以更好地进行资源扩展和管理，满足公共云计算环境下根据业务发展弹性扩展集群的刚性需求。
PolarDB的DBServer相当于MySQL本身，负责处理数据库的计算任务，而DataServer则是文件服务，负责存储数据文件、Redo Log等。
二、性能表现
RDS MySQL：
RDS MySQL基于阿里巴巴MySQL源码分支的在线数据库服务，经过双十一高并发、大数据量的考验，拥有优良的性能。
它支持MySQL的所有功能以及更多的企业级特性，如安全、备份、恢复、监控和性能优化等。
PolarDB MySQL：
由于其云原生架构和软硬件一体化设计，PolarDB MySQL能够提供更高的性能和更低的延迟。
PolarDB在硬件技术上进行了优化，使用了3DXpoint存储介质的Optane存储卡、NVMe SSD和RoCE RDMA网络等先进技术，以提高性能。
相比开源MySQL，PolarDB的性能最大可提升6倍。
三、扩展性
RDS MySQL：
RDS MySQL可以通过读写分离和只读实例来实现水平扩展，以增加并发处理能力。
但在纵向扩展方面受限于单个数据库节点的资源。
PolarDB MySQL：
PolarDB采用了分布式架构和自动分片机制，具备更好的扩展性和弹性。
它能够自动分配和负载均衡数据，并且可以根据需求进行弹性缩放，无需停机和复杂的数据迁移操作。
四、应用场景
RDS MySQL：
RDS MySQL适合需要快速部署和管理传统关系型数据库的场景。
它适用于基于SQL的应用程序和传统的关系型数据管理需求。
PolarDB MySQL：
PolarDB MySQL适用于对性能要求较高的OLTP（在线事务处理）和OLAP（在线分析处理）场景。
它支持列存储、行存储和混合存储引擎，以提供更高的查询性能和存储效率。
PolarDB还提供了全局索引、子母表等特性，适合分析型和海量数据存储需求。
五、功能特性
RDS MySQL：
支持实例管理、账号管理、数据库管理、备份恢复、白名单、透明数据加密以及数据迁移等基本功能。
提供了专属集群、只读实例、读写分离等高级功能。
PolarDB MySQL：
除了具备RDS MySQL的所有功能外，PolarDB还提供了更多高级功能，如多主集群（库表）、查询优化（Query Optimizer）、高压缩引擎（X-Engine）、冷数据归档、全球数据库（GDN）等。
这些功能使得PolarDB在处理大规模事务处理和数据分析时更加灵活和高效。
综上所述，云数据库 RDS MySQL 版和云原生数据库 PolarDB MySQL 版在架构设计、性能表现、扩展性、应用场景以及功能特性等方面都存在明显的区别。选择哪种产品取决于具体的业务需求和对数据库性能的要求。