在DataWorks中，对于离线任务的脚本模式设置，当遇到主键冲突时，通常需要通过编写相应的SQL逻辑来处理这种情况。具体的处理方式可能因业务需求和使用的数据库类型而有所不同。
以下是一些常见的处理主键冲突的策略：
1. 忽略冲突：如果主键冲突不影响数据的完整性，可以选择忽略这些冲突。在某些数据库系统中，可以通过设置特定的选项或使用特定的SQL语句来实现。
2. 更新现有记录：当主键冲突时，可以选择更新现有的记录而不是插入新记录。这通常涉及到编写一个`UPDATE`语句，该语句根据主键找到现有记录，并更新其字段值。
3. 插入新记录并生成新主键：如果数据库支持自动递增主键或可以生成唯一标识符，当主键冲突时，可以插入一个新记录并为其分配一个新的唯一主键。
4. 删除现有记录并插入新记录：在某些情况下，您可能希望删除现有的冲突记录，并插入一个新的记录。这需要谨慎处理，以确保不会意外删除重要数据。
在DataWorks的脚本模式中，您可以直接在SQL脚本中编写这些逻辑。这通常涉及到使用`INSERT ... ON DUPLICATE KEY UPDATE`（适用于MySQL等数据库）或类似的语句，或者编写包含条件逻辑的复杂SQL语句。
请注意，具体的SQL语法和选项可能因您使用的数据库系统而异。因此，在设置主键冲突处理策略时，建议查阅相关数据库的文档以了解可用的选项和最佳实践。
此外，如果您在DataWorks中使用了特定的数据同步工具或插件，它们可能提供了更高级的配置选项来处理主键冲突。在这种情况下，您应该查阅相关工具或插件的文档以获取更详细的信息。
最后，为了确保数据的一致性和完整性，强烈建议在生产环境中实施主键冲突处理策略之前，在测试环境中进行充分的测试和验证。